农业农村部在关于政协十三届全国委员会第三次会议第3852号(资源环境类222号)提案答复的函中表示，农业农村部将继续支持云南河湖流域农业绿色发展。
一是加大力度支持农业特色产业发展，加强规划引导、技术指导和信息服务，促进特色产业健康稳定发展。聚集资源要素，强化创新引领，突出集群成链，培育发展新动能，加快构建现代农业产业体系、生产体系和经营体系。
二是继续支持云南河湖流域特色农产品申报绿色食品和有机农产品认证，通过减少化学投入品使用量、加强环境保护、提升产品品质等措施，促进云南河湖流域绿色化、品牌化发展，提升农产品质量安全水平，促进农业增效、农民增收，推动云南河湖流域农业产业结构调整和转型升级。
三是继续支持云南高原湖泊农业面源污染治理，坚持源头控制与过程防治相结合，农艺措施与工程措施相结合、重点治理与全面推进相结合，加强政府引导和多方参与，调动农民和企业参与积极性，全方位全过程推动污染治理，总结综合治理的机制与经验，打造示范样板。
目前，云南90%以上乡镇镇区、村庄实现生活垃圾收集处理，60%以上乡镇镇区实现生物污水收集处理，其中澄江市、宾川县、大姚县、弥勒市等被列为国家农村生活垃圾分类和资源化利用示范县。云南省绿色、有机和地理标志农产品总数超过2000个，绿色优质生态农产品供给水平明显提升。