3月17日，南通市河长办、生态环境局、住建局、水利局、农业农村局联合印发《关于进一步加快农村黑臭水体排查治理工作的通知》(通河长办〔2020〕6号)，力争到2020年底，南通全市基本消除集镇区(含撤并前老镇区)、农村人居环境整治示范村、农村集中居住区(含沿河集中居住区)的黑臭水体，到2021年底，全面消除农村黑臭水体，农村水环境显著提升，公众满意度显著提高。
2019年，南通市印发《南通市农村黑臭水体整治工作实施方案》，以集镇区及农村人居环境整治示范村为重点，全面启动农村黑臭河道治理，并列入河长制三项重点工作任务扎实推进。全市去年已下达年度治理任务1725条，实际完成1769条，部分集镇区的黑臭河、农村的粪污河得到有效治理，切实改善了农村人居环境，增强广大人民群众的获得感、幸福感，得到了沿河百姓的积极拥护。
2020年，南通全市全面组织开展农村黑臭河道的治理，进一步加大工作力度，加快治理进度。一是组织农村黑臭水体排查识别，按照排全排细排实的要求，开展排查、复查、核查、市级抽查工作，全面组织对农村黑臭水体进行排查并建立名录清单。二是分类推进农村黑臭水体综合治理，查明黑臭成因，按照“控源截污、内源治理、生态修复、畅流活水、长效管护”的治理思路，分类进行治理，有力组织实施，治后长效管护。三是强化农村黑臭水体治理保障，各地、各镇、村级河长落实整治责任，狠抓推进，主动公开公示整治水体名录及治理的目标、方案、措施、完成时限。各地相关部门将加强指导协调、督查考核、制度建设，实现有序推进。按照部、省文件要求，将在五县(市)及通州区产生一个县(市)区作为全国农村黑臭水体治理试点示范县。