疫情发生以来，生态环境部指导各地开展生态环境质量监测工作，监测结果显示：总体来看，全国城市环境空气、地表水、饮用水水源地环境质量保持稳定，生态环境质量未受疫情影响。
2020年2月1日至19日，337个地级及以上城市平均优良天数比例为87.1%，比去年同期上升9.3个百分点。
1601个国家网水质自动站监测结果表明，2020年2月1日至19日，全国地表水Ⅰ~Ⅲ类水质断面比例为87.3%，Ⅳ类和Ⅴ类断面比例为10.8%，劣Ⅴ类断面比例为1.9%，与去年同期相比基本保持稳定。
累计对6900余个饮用水水源地开展的监测结果表明，2020年2月1日至19日，未发现受疫情影响饮用水水源地水质的情况。湖北省饮用水水源地水质全部达标，其中，武汉市长江纱帽(左)、汉江宗关、长江杨泗港、长江沌口、汉江琴口等主要饮用水水源地水质均优于《地表水环境质量标准》(GB3838-2002)Ⅲ类标准限值。饮用水水源地水质总体未受疫情影响。
2020年2月1日至20日，全国各省级生态环境部门均组织对重点地区定点医疗机构、城镇污水处理设施的出水水质开展了监督性监测。其中，武汉市对火神山医院、同济医院、协和医院等63家定点医院的污水处理设施出水水质开展了监测。监测结果表明，定点医疗机构污水处理设施出水余氯浓度基本符合《医疗机构水污染物排放标准》(GB18466-2005)限值，城镇污水处理设施出水余氯均有检出。